實驗室活動回顧

臺大基因體醫學研究中心 遺傳流行病學核心實驗室

2017
社會及網絡資訊理論與分析工作坊 August 28
社會及網絡資訊理論與分析工作坊
本次工作坊邀請成大統計系的李政德老師以深入淺出的方式,教導社群網絡分析的基礎理論及分析方法,相信內容對於公共衛生相關領域之應用,能夠有莫大的幫助。
主題:
  • Introduction to Social and Information Networks
  • Graphic Theory and Network Properties
  • Network Community Detection
  • Link Prediction
  • 工作坊海報


    Python程式設計工作坊

    Python程式設計工作坊

    August 24
    Python程式設計工作坊
    本工作坊邀請國立高雄師範大學數學系葉倚任老師主講,內容包含Python的基礎及由淺入深的介紹。課程中將有基礎的練習及程式設計,並說明其重要性與應用層面等。建議學員能有基礎程式設計知識。
    主題:
  • Python基本功
  • 基本功演練
  • 物件導向基本概念
  • 常用資料分析套件
  • 應用練習
  • 練習與討論
  • 工作坊海報


     

    2016


    Workshop on Advanced Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)

    Workshop on Advanced Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)

    August 29
    機器學習、資料分析與深度學習工作坊
    主題:
  • 機器學習導論
  • 資料分析入門與應用
  • 資料分析工具簡介
  • 深度學習導論I
  • 深度學習導論II
  • 工作坊海報


    Statistical Genomics Workshop on Sequence and Genotype Data Analysis

    Statistical Genomics Workshop on Sequence and Genotype Data Analysis

    July 27
    Statistical Genomics Workshop on Sequence and Genotype Data Analysis
    基因序列資料分析的研究發展日新月異。本次由台大基因體醫學研究中心遺傳流行病學核心實驗室、台大流行病學與預防醫學研究所、台大公衛學院基因、環境與健康研究中心共同主辦的「序列與基因型資料分析之基因體統計工作坊」,邀請美國北卡羅來納州立大學生物資訊研究中心曾仲瑩博士講授最新的基因序列分析統計方法、中央研究院生物醫學科學研究所沈志陽博士介紹台灣人體生物資料庫、台大流行病學與預防醫學研究所盧子彬博士解說次世代基因序列實驗資料、以及台中榮民總醫院醫學研究部蕭自宏博士帶領上機進行次世代序列資料分析實作。希望藉由本次工作坊的舉辦,帶領學員研習生物資訊統計相關領域的新知並獲得實際資料分析操作的經驗。
    主題:
  • Set-based association tests for sequence data (Lecture)
  • Taiwan Biobank for the health of the next generations (Lecture)
  • Basic concepts of next-generation sequencing experiments and data (Lecture)
  • Introduction of NGS data analysis (Lecture & Practice)
  • 工作坊海報


    GIS軟體應用於毒品防制工作坊 July 1 - August 31
    法籍研究生Elsa Gambs於本核心實驗室進行短期專題研究
    法國 ESBS (École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg) 研究生 Elsa Gambs,獲得科技部補助,來台進行短期專題研究。本核心實驗室接受其申請,指導並協助進行一項主題為Association of snps in muscarinic m1 receptor and cognitive functions in schizophrenia patients的研究,為期兩個月。

    GIS軟體應用於毒品防制工作坊

    GIS軟體應用於毒品防制工作坊

    June 16
    GIS軟體應用於毒品防制工作坊
    本工作坊由衛福部食藥署委辦,以Quantum GIS開放軟體為教學介面,主要內容為軟體基礎課程與GIS用於毒品防制之應用操作。由中研院人文社會科學研究中心副研究員詹大千博士進行教學。參加對象為全國各縣市毒防中心及其他毒防相關單位或機關人員。
    主題:
  • GIS與Health GIS介紹
  • QGIS使用環境介紹與基礎製圖
  • QGIS圖層與統計資料結合
  • 資料實作

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    2015


    Workshop on Advanced Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)

    Workshop on Advanced Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)

    July 23
    Workshop on Advanced Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)
    本工作坊由台大基因體醫學研究中心遺傳行病學核心實驗室、台大流行病學與預防醫學研究所合辦;除了全基因體關聯分析之基礎介紹與軟體教學外,並針對進階的分析技巧進行詳盡的解說與提供上機練習的機會。
    主題:
  • Introduction of GWAS (Lecture)
  • PLINK: A GWAS Toolset (Demo & Practice)
  • Open Source Database (Demo & Practice)
  • GWAS Imputation (Demo & Practice)
  • Pathway Analysis (Demo & Practice)
  • 工作坊海報


    Workshop on Practice of Quantum Geographic Information System (QGIS)

    Workshop on Practice of Quantum Geographic Information System (QGIS)

    February 12
    Workshop on Practice of Quantum Geographic Information System (QGIS)
    本工作坊由台大流行病學與預防醫學研究所、台大基因體醫學研究中心遺傳行病學核心實驗室主辦,針對地理資訊系統軟體QGIS,進行教學與經驗分享。地理資訊系統的應用日益普及,本次工作坊針對QGIS軟體進行教學,並分享經驗。邀請到中研院人社中心助研究員詹大千博士為學員介紹地理資訊系統與健康資料的關係及統計資料的連結,並指導學員實際練習。參加對象為對地理資訊系統之應用有興趣之相關人員。
    主題:
  • GIS 與Health GIS介紹
  • QGIS使用環境介紹與基礎製圖
  • QGIS圖層與統計資料結合
  • 空間分析/點位資料分析/網路資源
  • 處理網格式資料
  • 練習成果分享/Q&A時間
  • 工作坊海報


     

    2014


    Workshop on Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)

    Workshop on Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)

    September 4
    Workshop on Practice of Genome Wide Association Studies (GWAS)
    本工作坊針對全基因體關聯分析之軟體與實務,進行教學與經驗分享。全基因體資料分析在遺傳流行病學相關研究中佔有重要的角色。本次工作坊針對全基因體關聯分析中常見的資料處理問題、以及常用的軟體進行教學,並分享經驗。由台灣大學流行病學研究所陳為堅教授介紹相關理論背景、王世亨博士後研究員講解資料處理相關流程,最後由施又瑄小姐帶領軟體實作。參加對象為對全基因體分析有興趣之研究人員。
    主題:
  • Introduction to GWAS: QC, Association study, Polygenic score
  • Demo & practice: PLINK software
  • 工作坊海報


     

    2012


    Workshop: Family Based Association Tests (FBATs) and their application to large scale genotyping studies - Introduction to FBAT and PBAT packages

    Workshop: Family Based Association Tests (FBATs) and their application to large scale genotyping studies - Introduction to FBAT and PBAT packages

    March 31
    Workshop: Family Based Association Tests (FBATs) and their application to large scale genotyping studies - Introduction to FBAT and PBAT packages
    FBAT是家族遺傳研究之關聯分析中常用的軟體。本工作坊邀請FBAT之開發者Dr. Nan M. Laird及其研究團隊學者Dr. Manuel Mattheisen,講解FBAT及PABT在大型遺傳研究中的原理與使用,內容精彩可期。
    主題:
  • Fundamental ideas of Family Based Association Tests
  • Computer Tutorial I
  • Large scale genotyping and sequencing studies with FBATs
  • Computer Tutorial II
  • 工作坊海報


    Symposium on Challenges in the Analysis of -omics Data

    Symposium on Challenges in the Analysis of -omics Data

    Symposium on Challenges in the Analysis of -omics Data

    Symposium on Challenges in the Analysis of -omics Data

    Symposium on Challenges in the Analysis of -omics Data

    March 30
    Symposium on Challenges in the Analysis of -omics Data
    The purposes of organizing the symposium and workshop include: first, to discuss the statistical challenges in the analysis of –omics data; second, to introduce the family-based association tests and their application to large-scale genotyping studies to those who are interesting in statistical epidemiology; third, to strengthen the capacity of NTU research team for further international cooperation. (From Welcome Message from the Organizer)
    主題:
  • Welcome
  • Finding Genetic Markers for Disease: Some Challenges and Opportunities for Biostatisticians
  • Genetic Epidemiology of Mental Disorders: Challenges in Identifying Genetic and Environmental Factors for Schizophrenia
  • Challenges in Identifying Biomarkers and Causal Mechanisms for Complex Mental Disorders
  • Detecting Rare Variants with a Random-Effects Model
  • A Marker-Set Approach Using Bayesian Regression Model with Regularization for Family Association Studies
  • Bayesian hierarchical modeling for interaction between genes and contextual factors
  • Applying network and pathway analysis in -omic data
  • Pathway analysis using information from allele-specific gene methylation in a genome-wide association study
  • Next Generation Sequencer Technologies for Human Whole Genome Re-sequencing and Applications
  • A Combination of cDNA, microRNA Arrays and Functional Assays to Identify a Novel Marker for Colon Cancer Prognosis
  • On the Use of Genome-Wide SNP Data
  • A Kernel-Weight-Based (KWB) Regularized Least Squares Support Vector Machine for Gene Selection
  • Detecting Weak Genetic Associations: Multiple Interaction Testing to the Extreme
  • Matrix Variate Logistic Regression Model with Application to Detection of Gene-Gene Interactions
  • General Discussion & Closing remarks
  • 研討會海報


     

    2011


    遺傳流病分析工作坊

    遺傳流病分析工作坊

    遺傳流病分析工作坊

    September 8
    遺傳流病分析工作坊
    隨著人類基因體定序解密完成,進入後基因體時代,探索基因與人類疾病的關係 已成為重要課題之一。本次遺傳流病分析工作坊,重點在於新興遺傳流病分析方法,由多位在相關領域經驗豐富的博士後研究員以及博士候選人講解與介紹,並帶領學員實際操作相關的分析軟體,進而從中瞭解分析的基本策略與結果的判讀;歡迎大家前來參加!
    主題:
  • Statistical approach to identify gene expression aberration that can be used as a biomarker for disease
  • Pathway analysis in genome-wide association studies
  • Using an uncertainty-coding matrix in bayesian regression models for haplotype-specific risk detection in family association studies
  • Hierarchical model for cross-level GE interaction in matched case-control data
  • 工作坊海報


     

    2007


    Symposium on Methodologies and Applications of Genetic Epidemiology

    Symposium on Methodologies and Applications of Genetic Epidemiology

    Symposium on Methodologies and Applications of Genetic Epidemiology

    Symposium on Methodologies and Applications of Genetic Epidemiology

    October 4-5
    Symposium on Methodologies and Applications of Genetic Epidemiology
    本研討會邀請梁賡義院士、Dr. Terri H. Beaty、Dr. M. Daniele Fallin等三位美國約翰霍普金斯大學教授,就現今遺傳流病之方法與應用,提供其最新的觀點;此外,本院流行病學所之李文宗所長、陳為堅教授、程蘊菁博士也將發表其國內研究的成果。本活動也開放海報徵求,以達到各研究人員間之相互交流。
    主題:
    Day 1
  • Overview of genetic epidemiology
  • Multipoint linkage analysis for complex diseases
  • Methods for analyzing family-based association data
  • Use of endophenotype in gene mapping for complex diseases
  • Day 2
  • Methods for analyzing population-based association data
  • Methods for addressing gene-environment interactions
  • A new trend of genetic epidemiology study - The consortium project
  • Assessing effects of disease genes and genes-environment interactions
  • Future of genetic epidemiology
  • 研討會海報


    遺傳流病分析工作坊

    遺傳流病分析工作坊

    遺傳流病分析工作坊

    遺傳流病分析工作坊

    July 17-18
    遺傳流病分析工作坊
    隨著人類基因體定序解密完成,進入後基因體時代,探索基因與人類疾病的關係已成為重要課題之一。本遺傳流病分析工作坊,以關聯分析為主題,第一部份為統計方法學、與實證性研究,邀請國內、外傑出學者針對發展中的分析方法,進行說明與討論。第二部份為遺傳流病分析實務,讓參與學員熟悉常用遺傳統計軟體的使用,進而從中瞭解分析的基本策略與結果的判讀。歡迎大家前來參加!
    主題:
    Day 1
  • Basic Concepts on Association Study
  • Model-based association analysis via haplotype similarity for genome-wide studies
  • Multiple testing in large-scale association study: Optimal two-stage design and analysis
  • Use of endophenotype in gene mapping for complex diseases
  • Data management and basic genetic data analysis: SAS/Genetics & Haploview
  • Haplotype analysis: SAS/Genetics, HAP & R
  • Multiple testing: R
  • Day 2
  • Assessing effects of disease genes and gene-environment interactions using the case-spouse design
  • Introduction to microarray data analysis: concept and application
  • Assessing effects of disease genes and gene-environment interactions using the case-spouse design: SAS & Excel
  • Effect modification: SAS & MDR
  • Family-based association analysis: SAS/Genetics & FBAT
  • 工作坊海報


     

    2006


    Mini-Workshop on Genetic Analysis

    Mini-Workshop on Genetic Analysis

    September 5
    Mini-Workshop on Genetic Analysis
    隨著人類基因體定序解密完成,進入後基因體時代,探索基因與人 類疾病的關係已成為重要課題之一,其中的研究設計與分析方法影 響研究成果至鉅。本遺傳分析研習會,以雙胞胎資料分析及關聯分 析為主題,配合實例說明,讓學員熟悉常用遺傳統計軟體的使用, 進而從中瞭解分析的原理與結果的判讀。
    主題:
  • Introduction on genetic analysis
  • Case-control association study: PowerMarker and Whap
  • Family-based association study: SAGE
  • Family-based association study: FBAT
  • Twin data analysis: Mx
  • 工作坊海報


     

    2004


    Mini-Workshop on Genetic Analysis

    Mini-Workshop on Genetic Analysis

    August 17
    Mini-Workshop on Genetic Analysis
    隨著人類基因體定序解密完成,進入後基因體時代,探索基因與人類疾病的關係已成為重要課題之一,其中的研究設計與分析方法影響研究成果至鉅。本遺傳分析研習會分成兩個部分,第一部份為遺傳分析實務,讓參與學員瞭解遺傳分析的基本原理,認識相關的統計軟體與判讀結果;第二部份為遺傳分析之統計方法學、與實證性研究,挑選一些發展中的分析方法,進行說明與討論。
    主題:
  • Introduction on genetic data analysis
  • Demonstration of linkage analysis program
  • Demonstration of association analysis program
  • Real data exercises
  • Panel Discussion 1: Haplotype association analysis: three SNPs in Neuregulin 1 gene and SZ
  • Panel Discussion 2: TDT: a study in Liver cancer
  • 工作坊海報


     

    Genetic Epidemiology Core Laboratory, NTU Center for Genomic Medicine